Díky péči ochránců přírody populace tohoto dravce v Česku stoupla v posledních dvou desetiletích z nuly na 25 až 30 hnízdících párů. I když je orel mořský chráněný, bývají někteří zastřeleni. Mohou se dožít až čtyř desítek let, další z nich ale zahynou i kvůli otráveným návnadám. V části Evropy byl druh prakticky vyhuben.
Život a rizika, se kterými se může orel v Česku setkat, popíše brožurka České společnosti ornitologické. Informace o majestátních dravcích poskytují ornitologové i na svém webu. Lidé se na stránkách www.birdlife.cz také dočtou, kam se mohou za králi ptactva vypravit do přírody.
Na konec ledna a začátek února jsou přichystány i organizované vycházky za orly. I když se orel může objevit na území státu prakticky kdekoli, s větší pravděpodobností se s ním lidé setkají v nížinách u větších vodních ploch či řek, například na Třeboňsku či u nádrže Nové mlýny.
"V zimě po zámrazu ho často spatříme sedět na ledě uprostřed rybníka. Přitom už nepůsobí tak impozantním dojmem jako v letu, připomíná spíše mohutnou, zdaleka viditelnou načepýřenou slepici," popisují na webu ornitologové své zkušenosti s dravcem, jehož křídla dosahují rozpětí dvou až dvou a půl metru.
Evropská populace orlů mořských v současnosti čítá 5000 párů, což představuje zhruba polovinu světové populace. V Čechách zanikla jeho poslední hnízdiště v polovině 19. století, na Moravě hnízdil patrně ještě ve 20. letech minulého století. Pak se orlové po dlouhá desetiletí v Česku objevovali jen jako zimující ptáci. Znovu se hnízdící páry objevily koncem 80. let, a to i díky podmínkám, které připravili ornitologové. Z jižních Čech se orli postupně rozšířili na Českolipsko a Břeclavsko. Stoupá i počet jedinců zimujících na novomlýnských nádržích a třeboňských rybnících.
Orli mořští se živí převážně rybami a vodními ptáky. Nepohrnou ale ani mršinami. Kvůli tomu jim hrozí otrava různými nelegálními návnadami, které nemusejí být ani přesně namířeny na ně. Travičství je podle ornitologů nejkritičtějším faktorem v ochraně orla mořského. Nepříliš početnou populaci může podle jejich názoru zcela zlikvidovat.